Зато администрирование. 
1. Начисляем по первому событию.
2. По нему же сопровождаем каждую операцию выпиской отдельного документа - налоговой накладной. Инвойсы, накладные, акты выполненных работ для налогового учета НДС не годятся.
3. Примерно 80% налоговых накладных в электронном виде регистрируем в государственном реестре. От распечатывания бумажки в 2 экземплярах это не освобождает.
4. Передаем бумажку покупателю.
5. Покупатель каждую зарегистрированную бумажку должен проверить - действительно ли она внесена в реестр?
И сейчас все станет еще хуже, судя по слухам.
Если ваши возьмут Евродирективы в голову и выкинут совок на свалку истории, то:
1.Начисление такое же, сделка либо полученный аванс.
2. Любой документ (накладная, счет, чек) является также налоговым счетом по НДС.
3.Бог миловал, только указание накладных свыше определенной суммы в отчете по НДС, он, в зависимости от оборота, может быть вообще полугодовым.
4.Так же, но сейчас уже можно указать в договоре, что счета шлются электронно.
5. Ваще нет. Проверить надо партнера перед заключением договора.