Совет сепаратистов был создан графом Дуку непосредственно перед Битвой на Джеонозисе . После атаки на Корусант и смерти графа Дуку Дарт Сидиус приказал генералу Гривусу, который в то время находился на Утапау, отправить всех членов Совета сепаратистов на Мустафар, где, по его словам, они были бы в безопасности. Корабль на Мустафар отбыл незадолго до того, как Республика осадила Утапау.
После смерти генерала Гривуса от руки Оби-Вана Кеноби, Совет формально стал во главе КНС, а основным его представителем стал Нут Ганрей. Совет обосновался на Мустафаре в штаб-квартире Klegger Corp, и именно туда Дарт Сидиус послал своего нового ученика Дарта Вейдера, чтобы тот положил конец сепаратистскому движению. Практически все лидеры сепаратистов (за исключением Рогуа Водраты) и их ближайшие помощники были убиты Вейдером. Их смерть послужила официальным окончанием Войн клонов.
