Народився Дрейк у 1540 році неподалік від англійського міста Плімута в сім'ї селянина, що став християнським проповідником.
Він збагатився, будучи піратом у Карибському морі в 1567—1572 роках і грабуючи іспанські кораблі. Подорож 1568 завершилась битвою при Сан-Хуан-де-Уллоа. За наказом Єлизавети I та на її кошти ним була споряджена експедиція до Тихого океану, до якої він відправився в 1577 році, здійснивши до 1580 року навколосвітню подорож на галеоні «Золота лань» (англ. Golden Hind), грабуючи попутні іспанські кораблі. Це була друга подорож навколо світу (першу зробив португальський мореплавець Фернан Магеллан).
Дрейк також посприяв перемозі над «непереможною» Іспанською Армадою у 1588 році, бувши заступником командуючого англійським флотом Чарльза Говарда. Після цього провів невдалу операцію проти Іспанії, Португалії, через що потрапив у немилість до королеви. 13 червня 1589 року здійснив морський напад на Лісабон. На шість років був відсторонений від двору, займаючи незначну посаду командувача порту.
Хоча він вважався героєм серед англійців, серед іспанців вважався злочинцем і піратом, відомим під прізвиськом El Draque («Дракон» староіспанською мовою). За його голову іспанський король Філіп II свого часу призначив нагороду у 20 тис. дукатів (близько 8 млн доларів США за сучасними стандартами).
Про Дрейка згадали, плануючи закласти англійську колонію в Центральній Америці. Але експедиція завершилась безславними поразками[10]. Френсіс Дрейк помер від дизентерії після невдалого нападу на Сан-Хуан, Пуерто-Рико в 1596 році. Його поховали за звичаями того часу в свинцевій труні, яка була опущена в море.
З 31 корабля повернулося до Англії лише 11 без здобичі. До 500 моряків потрапило в полон, значна частина загинула.
На честь Френсіса Дрейка названо протоку між Вогняною Землею та Антарктидою, а також затоку біля узбережжя північної Каліфорнії.
