Наприкінці листопада 1947 Вільгельма Габсбурга перевели до Лук'янівської тюрми Києва, де тривало слідство. Протягом півроку його щоденно допитували, переважно вночі, вимагаючи зізнатися в контактах з оунівським підпіллям та західними розвідками. Однак Вільгельм заперечував свою причетність до будь-яких політичних рухів чи партій за останні 20 років, наголошуючи, що всі зустрічі і контакти були окремими подіями і не мали постійного характеру. Він відмовився видавати прізвища своїх друзів та вигадувати наклепи на соратників по еміграції. Слідчі рекомендували йому 25 років ув'язнення в радянських таборах, однак ця рекомендація і наступний вирок залишилися невиконаними. Умови утримання в тюрмі та брак медичного догляду призвели до захворювання Габсбурга на туберкульоз. Вільгельм Габсбург хворів на легені вже давно, втім тюремний лікар нічого іншого, крім захворювання серця, не згадувала в історії хвороби. Свідоцтво про смерть проте вказує на двосторонній туберкульоз, від якого він помер о 3-й годині ночі 18 серпня 1948 в тюремній лікарні. Не збереглося навіть відомостей про місце його захоронення — ймовірно, його поховали десь біля огорожі Лук'янівського цвинтаря Києва без будь-яких позначень місцезнаходження тіла[11]. З огляду на засекреченість обставин смерті Габсбурга-Вишиваного ця історія рясніла легендами, аж поки справжні документи не пролили світло на правдивий перебіг подій.
